La UNL genera diferentes residuos con características especiales que deben ser tratados y gestionados en forma particular. Los residuos peligrosos y patogénicos se producen en actividades de docencia, investigación y vinculación, y son gestionados en función de las normativas vigentes. Periódicamente, se realizan campañas de recolección de residuos químicos, que son transportados y tratados por empresas habilitadas de la Provincia.
Por otro lado, la UNL promueve acciones para mejorar la gestión interna de los residuos de aparatos eléctricos y electrónicos. En tal sentido, se trabaja en la elaboración de criterios vinculados a compras sostenibles, a los efectos de tomar conciencia sobre la obsolescencia programada de los aparatos y realizar una gestión que apunte a considerar todo su ciclo de vida.