Seminario internacional sobre transcripción genómica
Miércoles 13 de noviembre de 2013
Será el próximo lunes 18 de noviembre a las 18:00 en el Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (IAL), a cargo de Ian T. Major del Laboratorio de Investigación en Plantas de Michigan State University.
El próximo lunes 18 de noviembre a las 18 horas se realizará el seminario especial sobre “Transcripción y genómica en la era del secuenciamiento masivo”, en el Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (IAL) de la Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas UNL.
La charla, que es parte del ciclo 2013 de seminarios que realiza el instituto, estará a cargo del Dr. Ian T. Major del Laboratorio de Investigación en Plantas (PRL) del Departamento de Energía de Michigan State University en Estados Unidos.
Los interesados en recibir más información deben dirigirse al Instituto de Agrobiotecnologia del Litoral (IAL) en Ciudad Universitaria o por teléfono al 54 342 4575219 / +54 342 4575206 interno 159.
Resumen del seminario
The advent of next generation sequencing (NGS), particularly the Illumina sequencing platforms, have revolutionized genome and transcriptome analyses. RNA and DNA sequencing are now, respectively, cost effective options for transcriptome analysis and for mapping mutations. We use RNA sequencing to study the dynamics of jasmonate signaling, and DNA sequencing to map mutations in tomato and arabidopsis. While NGS is becoming a routine tool for molecular biology, the generation and processing of massive amounts of sequencing data can be challenging and time consuming. However, these approaches offer numerous advantages over conventional methods. For example, RNA sequencing permits de novo analysis of whole transcriptomes without a reference genome, provides a higher dynamic range of detection and absolute transcript abundance, and can detect alternative splicing and novel isoforms. DNA sequencing can dramatically speed up the identification of causal mutations compared with conventional recombinant genotyping and candidate sequencing. In this presentation, I will describe the NGS workflow, with particular attention to data processing (currently the limiting step), as well as discuss some of the advantages and disadvantages of NGS using examples from our own work.
Espere por favor....