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El artículo 31° del Estatuto establece que son órganos de gobierno de la Universidad la Asamblea Universitaria, el Consejo Superior y el Rector.
La Asamblea Universitaria es el órgano superior de la Universidad y se constituye con todos los miembros del Consejo Superior y de los Consejos Directivos de las Facultades más los representantes de los Centros Universitarios ante los colegios electorales.
Son también órganos de la Universidad el Tribunal Superior, el Consejo Social y el Consejo de Enseñanza Preuniversitario; estos dos últimos de carácter consultivo de los demás órganos de gobierno.