El desarrollo del sistema científico-tecnológico en la región ha llevado a la creación y consolidación de 14 Institutos de doble dependencia entre la UNL y el CONICET. Su objetivo es realizar investigaciones en diferentes campos disciplinares, formar recursos humanos y transferir los resultados de las investigaciones a la sociedad, el Estado y el sector productivo.
| INSTITUTO | FECHA DE CREACIÓN | DIRECTOR/A |
| Instituto de Lactología Industrial (INLAIN) | 12 de abril de 2007 (Res. CS 66/07) | Dra. Andrea del Luján Quiberoni (Res. C.S. 439-19) |
| Instituto Nacional de Limnología (INALI) | 4 de octubre de 2002 (Res. CS 156/02) | Dr. Pablo Agustín Collins (Res. C.S. 438-19) |
| Instituto de Desarrollo Tecnológico para la Industria Química (INTEC) | 25 de junio de 1975 (Res. CS 119/75) | Dra. Gabriela Patricia Henning (Res. C.S. 476-18) |
| Instituto de Matemática Aplicada del Litoral (IMAL) | 7 de agosto de 2002 (Res. CS 153/02) | Dra. Beatriz Eleonora Viviani (Res. C.S. 382-19) |
| Instituto de Investigaciones en Catálisis y Petroquímica “Ing. José Miguel Parera” (INCAPE) | 13 de abril de 1978 (Res. CS 177/78) | Dr. Ulises Anselmo Sedrán (Res. C.S. Nº 475/18) |
| Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (IAL) | 25 de septiembre de 2008 (Res. CS 311/08) | Dra. Raquel Lía Chan (Res. C.S. Nº 153/19) |
| Instituto de Física del Litoral (IFis Litoral) | 14 de marzo de 2013 (Res. CS 5/13) | Dr. Roberto Delio Arce (Res. C.S. 634/18) |
| Instituto de Ciencias Veterinarias del Litoral (ICIVET-Litoral) | 11 de junio de 2013 (Res. C.S. 263/13) | Dr. Hugo Héctor Ortega (Res. C.S. 477/18) |
| Centro de Investigación de Métodos Computacionales (CIMEC) | 27 de mayo de 2013 (Res. CS 6/13) | Dr. Alberto Cardona (Res. C.S. 635/18) |
| Instituto de Salud y Ambiente del Litoral (ISAL) | 31 de octubre de 2013 (Res. CS 563/13) | Dra. Mónica Milagros Muñoz de Toro ( Res.C.S. 398/1 |
| Instituto de investigación en Señales, Sistemas e Inteligencia Computacional (sinc(i)) | 5 de octubre de 2014 (Res. CS 420/14) | Dr. Hugo Leonardo Rufiner (Res.C.S. 173/19) |
| Instituto de Química Aplicada del Litoral (IQAL) | 31 de marzo de 2016 (Res. CS 25/16) | Dr. Abel Cesar Chialvo (Res.C.S. 44/17) |
| Instituto de Humanidades y Ciencias Sociales del Litoral (IHuCSo-Litoral) | 8 de octubre de 2015 (Res. CS 437/15) | Dr. Víctor Ramiro Fernández (Res.C.S. 259/16) |
| Instituto de Ciencias Agropecuarias del Litoral (ICiAgro Litoral) | 8 de noviembre de 2018 (Res. C.S. 569/18) | Dra. Silvia del Carmen Imhoff (Res. C.S. 174/20) |